Las Líneas de Investigación Científica, Desarrollo Tecnológico e Innovación, direccionan y promueven la generación de conocimiento científico, base para la innovación tecnológica y la transferencia de conocimientos. Estas líneas han sido construidas con pertinencia científica, académica y social, lo que permite la integración intra e interinstitucional. Las Líneas de Investigación actuales son:
• Biodiversidad y Biotecnología
• Educación, Cultura y Comunicación
• Energía, Industrias y Recursos Naturales no Renovables
• Salud Publica y Epidemiología
• Sistemas de Producción Agropecuaria para la Soberanía Alimentaria
• Socio-económica, Jurídica y Administrativa