La Dirección de Investigación es la entidad organizadora, promotora y evaluadora de los procesos de investigación científica, tecnológica y de innovación de la Universidad Nacional de Loja. Apoya el desarrollo sostenible de la región sur del Ecuador y del país, en concordancia con los lineamientos estratégicos de desarrollo del país, a través de la ejecución de programas y proyectos de investigación en las Ciencias de la vida, la naturaleza y las ingenierías; las Ciencias Energéticas y Tecnología Digital; las Ciencias Sociales y Humanísticas; y, las Ciencias de la Salud

La Dirección de Investigación de la Universidad Nacional de Loja es la instancia líder en el desarrollo de la ciencia, la tecnología y la innovación, articulada directamente al desarrollo sostenible de la región sur del Ecuador.

Las Líneas de Investigación Científica, Desarrollo Tecnológico e Innovación, direccionan y promueven la generación de conocimiento científico, base para la innovación tecnológica y la transferencia de conocimientos. Estas líneas han sido construidas con pertinencia científica, académica y social, lo que permite la integración intra e interinstitucional. Las Líneas de Investigación actuales son:

• Biodiversidad y Biotecnología

• Educación, Cultura y Comunicación

• Energía, Industrias y Recursos Naturales no Renovables

• Salud Publica y Epidemiología

• Sistemas de Producción Agropecuaria para la Soberanía Alimentaria

• Socio-económica, Jurídica y Administrativa